В сентябре климат в Кедрозере можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кедрозере 13 пасмурных, 10 дождливых, 4 с переменной облачностью и 3 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные.