В сентябре климат в Кандалакше можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кандалакше 12 дождливых, 9 с переменной облачностью, 6 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Кандалакша cчитается местом, некомфортным для посещения.