В сентябре климат в Кайнаре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 19 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кайнаре 18 ясных, 9 с переменной облачностью, 2 пасмурных и дождливый день. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Кайнар cчитается местом, комфортным для посещения.