В сентябре климат в Хакодате можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 20 градусов тепла. В среднем в сентябре в Хакодате 17 дождливых, 10 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.