В сентябре климат в Хаапсалу можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Хаапсалу 11 дождливых, 7 ясных, 7 с переменной облачностью и 5 пасмурных дней. Дожди преимущественно умеренные.