В сентябре климат в Гуастатойе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 27 градусов тепла. В среднем в сентябре в Гуастатойе 26 дождливых, 3 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Гуастатойя cчитается местом, некомфортным для посещения.