В сентябре климат в Горно-Алтайске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Горно-Алтайске 13 ясных, 9 с переменной облачностью, 7 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно умеренные.