В сентябре климат во Фленсбурге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре во Фленсбурге 19 дождливых, 7 ясных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и октябре Фленсбург cчитается местом, некомфортным для посещения.