Январь во Флагстаффе — самый холодный месяц в году. В январе климат во Флагстаффе можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в январе 3 градуса тепла. В среднем в январе во Флагстаффе 15 дней с переменной облачностью, 12 ясных, 3 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые. В январе, а также в феврале, июле и декабре Флагстафф cчитается местом, некомфортным для посещения.