В июне климат в Эннискиллене можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 16 градусов тепла. В среднем в июне в Эннискиллене 17 дождливых, 6 с переменной облачностью, 5 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Эннискиллен cчитается местом, некомфортным для посещения.