В сентябре климат в Санта-Круз-дель-Сейбо можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Санта-Круз-дель-Сейбо 22 дождливых и 8 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Санта-Круз-дель-Сейбо cчитается местом, некомфортным для посещения.