В сентябре климат в Канколиме можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 27 градусов тепла. В среднем в сентябре в Канколиме 28 дождливых и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в июне, июле, августе и октябре Канколим cчитается местом, некомфортным для посещения.