В июне климат в Канколиме можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 27 градусов тепла. В среднем в июне в Канколиме 28 дождливых, 1 ясный и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в июле, августе, сентябре и октябре Канколим cчитается местом, некомфортным для посещения.