В сентябре климат в Чегдомыне можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Чегдомыне 13 дождливых, 9 ясных и 8 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.