В сентябре климат в Борогонском втором наслеге можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 6 градусов тепла. В среднем в сентябре в Борогонском втором наслеге 10 дней с переменной облачностью, 7 ясных, 7 пасмурных, 5 дождливых и 1 день со снегом. Дожди преимущественно слабые.