В июне климат в Богодуховке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 23 градуса тепла. В среднем в июне в Богодуховке 13 дней с переменной облачностью, 11 ясных и 6 дождливых дней. Дожди преимущественно слабые.