В апреле климат в Батагай-Алыте можно охарактеризовать как морозный. Средняя температура днём в апреле 8 градусов мороза. В среднем в апреле в Батагай-Алыте 16 пасмурных, 8 с переменной облачностью, 4 ясных и 2 дня со снегом. Снегопады преимущественно слабые.