В сентябре климат в Амнатчарене можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Амнатчарене 28 дождливых и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Амнатчарен cчитается местом, некомфортным для посещения.