Сентябрь в Верхнем Шергольджине — самый солнечный месяц в году. В сентябре климат в Верхнем Шергольджине можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Верхнем Шергольджине 14 дождливых, 10 ясных и 6 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Верхний Шергольджин cчитается местом, некомфортным для посещения.