В сентябре климат в Верхоянске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 5 градусов тепла. В среднем в сентябре в Верхоянске 15 дней с переменной облачностью, 7 ясных, 6 пасмурных, 1 дождливый и 1 день со снегом. Дожди преимущественно умеренные.