В сентябре климат в Верхоянске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 6 градусов тепла. В среднем в сентябре в Верхоянске 9 пасмурных, 8 ясных, 7 с переменной облачностью и 6 дождливых дней. Дожди преимущественно слабые.