В сентябре климат в Варденисе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Варденисе 17 дождливых и 13 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в марте, апреле, мае и июне Варденис cчитается местом, некомфортным для посещения.