В сентябре климат в Усть-Янском национальном наслеге можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 5 градусов тепла. В среднем в сентябре в Усть-Янском национальном наслеге 13 пасмурных, 6 ясных, 6 с переменной облачностью и 5 дождливых дней. Дожди преимущественно слабые.