В сентябре климат в Усть-Ишиме можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Усть-Ишиме 14 дождливых, 13 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Усть-Ишим cчитается местом, некомфортным для посещения.