В сентябре климат в Тарту можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Тарту 13 дождливых, 7 с переменной облачностью, 6 ясных и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные.