В сентябре климат в Среднеколымске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 5 градусов тепла. В среднем в сентябре в Среднеколымске 17 пасмурных, 5 с переменной облачностью, 4 ясных, 3 дождливых и 1 день со снегом. Дожди преимущественно слабые.