В сентябре климат в Шенкурске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Шенкурске 14 дождливых, 14 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Шенкурск cчитается местом, некомфортным для посещения.