В июне климат в Шеки можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 22 градуса тепла. В среднем в июне в Шеки 24 ясных, 3 дождливых и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в июле и августе Шеки cчитается местом, комфортным для посещения.