В сентябре климат в Северомуйске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 5 градусов тепла. В среднем в сентябре в Северомуйске 15 дождливых, 5 с переменной облачностью, 4 ясных, 4 пасмурных и 2 дня со снегом. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и мае Северомуйск cчитается местом, некомфортным для посещения.