В сентябре климат в Северобайкальске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Северобайкальске 15 дней с переменной облачностью, 9 ясных, 5 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые.