Сентябрь в Северо-Енисейском — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Северо-Енисейском можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Северо-Енисейском 19 дождливых, 5 ясных, 5 пасмурных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Северо-Енисейский cчитается местом, некомфортным для посещения.