В сентябре климат в Саянах можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 6 градусов тепла. В среднем в сентябре в Саянах 14 дней с переменной облачностью, 11 ясных, 4 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые.