В июне климат в Сан-Маркосе можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 32 градуса тепла. В среднем в июне в Сан-Маркосе 19 ясных, 7 дождливых и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, мае, июле и августе Сан-Маркос cчитается местом, некомфортным для посещения.