В мае климат в Сан-Хуан-дель-Сур можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в мае 29 градусов тепла. В среднем в мае в Сан-Хуан-дель-Сур 18 дождливых, 7 с переменной облачностью и 6 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В мае, а также в июне, июле, августе и сентябре Сан-Хуан-дель-Сур cчитается местом, некомфортным для посещения.