В сентябре климат в Сане Агустине можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 24 градуса тепла. В среднем в сентябре в Сане Агустине 25 ясных и 5 дней с переменной облачностью. В сентябре, а также в июне, июле, августе и октябре Сан Агустин cчитается местом, комфортным для посещения.