Сентябрь в Попигае — самый дождливый и снежный месяц в году. В сентябре климат в Попигае можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 3 градуса тепла. В среднем в сентябре в Попигае 17 пасмурных, 7 дождливых, 3 со снегом и 3 ясных дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Попигай cчитается местом, некомфортным для посещения.