В сентябре климат в Нижнеянске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 4 градуса тепла. В среднем в сентябре в Нижнеянске 13 пасмурных, 7 с переменной облачностью, 5 дождливых и 5 ясных дней. Дожди преимущественно слабые.