В сентябре климат в Несауалькойотле можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Несауалькойотле 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в июне, июле, августе и октябре Несауалькойотль cчитается местом, некомфортным для посещения.