В июне климат в Нантюа можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 20 градусов тепла. В среднем в июне в Нантюа 22 дождливых и 8 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Нантюа cчитается местом, некомфортным для посещения.