В сентябре климат в Могойто можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Могойто 11 дождливых, 11 с переменной облачностью, 5 ясных, 2 пасмурных и 1 день со снегом. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, августе и ноябре Могойто cчитается местом, некомфортным для посещения.