В сентябре климат в Милысае можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 19 градусов тепла. В среднем в сентябре в Милысае 14 ясных, 13 с переменной облачностью, 2 пасмурных и дождливый день. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Милысай cчитается местом, комфортным для посещения.