В сентябре климат в Мануэле-Антонио можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 23 градуса тепла. В среднем в сентябре в Мануэле-Антонио 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Мануэль-Антонио cчитается местом, некомфортным для посещения.