В июне климат в Манали можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в июне 9 градусов тепла. В среднем в июне в Манали 17 дождливых, 8 ясных и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Манали cчитается местом, некомфортным для посещения.