Июнь в Магистральном — самый солнечный месяц в году. В июне климат в Магистральном можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 21 градус тепла. В среднем в июне в Магистральном 11 дней с переменной облачностью, 9 ясных, 7 дождливых и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в июле Магистральный cчитается местом, комфортным для посещения.