В сентябре климат в Кызылтане можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кызылтане 13 дней с переменной облачностью, 9 ясных, 6 пасмурных и 2 дождливых дня. Дожди преимущественно слабые.