В июне климат в Кызылтане можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 25 градусов тепла. В среднем в июне в Кызылтане 11 дней с переменной облачностью, 10 ясных и 9 дождливых дней. Дожди преимущественно слабые.