В июне климат в Холмогорах можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 16 градусов тепла. В среднем в июне в Холмогорах 11 дождливых, 9 с переменной облачностью, 6 ясных и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные.