В июне климат в Холмогорском можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 20 градусов тепла. В среднем в июне в Холмогорском 14 дождливых, 8 ясных и 8 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.