В сентябре климат в Хартуме можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 39 градусов тепла. В среднем в сентябре в Хартуме 18 дней с переменной облачностью и 12 ясных дней. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Хартум cчитается местом, некомфортным для посещения.