Сентябрь в Ханты-Мансийске — самый пасмурный месяц в году. В сентябре климат в Ханты-Мансийске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Ханты-Мансийске 11 дождливых, 9 с переменной облачностью, 8 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, октябре и декабре Ханты-Мансийск cчитается местом, некомфортным для посещения.