В сентябре климат в Караколе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Караколе 19 дождливых, 6 ясных и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Каракол cчитается местом, некомфортным для посещения.